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作者们在2020年1月5日获得一个完整的病毒基因组。初步分析表明,该病毒与SARS样病毒(冠状病毒科)密切相关。他们立即将这一结果报告给了相关部门,并在同一天向NCBI/GenBank提交了基因组序列(Wuhan-Hu-1毒株)。随后,在爱丁堡大学Andrew Rambaut博士的帮助下,作者们于2020年1月11日在开放获取病毒学网站(http:// virological.org/)上公布了该病毒的基因组序列。随后,中国疾控中心在公众访问GISAID数据库(https://www.gisaid.org/)发布了新冠病毒基因组序列,以及相关的流行病学数据。

然而,也有证据表明,新冠病毒比SARS-CoV和MERS-CoV更具传染性,个体在无症状或处于有症状前的潜伏期即可传播病毒。

作者们写道:由此得出的简单推论是,我们对蝙蝠病毒采样的时候对某些地理位置有强烈的偏见。这需要在今后的研究中加以纠正。

此前的观察显示,第一批报告的COVID-19病例和武汉的华南海鲜野生动物市场有关联。值得一提的是,张永振、霍尔姆斯等人曾在2014年亲身探访过该市场,霍尔姆斯提供的一张照片显示,当时该市场即出售野生动物。

值得注意的是,作者们在文章中提及,基于他们过于研究冠状病毒的经验,除了在动物宿主中发生演化外,早在2019年12月之前,病毒可能已经在在人群“隐秘传播”(cryptic spread)阶段发生了一些关键突变。

该照片由Edward C. Holmes提供,拍摄于2014年10月,当时两位作者一起参观了市场。

作者们最后总结道,目前,已有四种地方性的冠状病毒株在人群中流行,即229E、HKU1、NL63、OC43。“新冠病毒似乎不可避免地将成为人类中第五种地方性冠状病毒,并且目前正在一个完全易感人群中传播。”所谓的地方性疾病,指的是局限于某些特定地区内相对稳定,并长期性经常发生的疾病。

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具体来说,这种新型病毒在人群中出现的时间可能比设想的更早,甚至不一定是最早出现在武汉,但由于无症状感染现象而未被检测到。病毒在人传人过程中逐步演化出了关键突变,可能包括上述的RBD和福林酶切位点插入,从而变得完全适应于人类。“直到发生了更多的肺炎病例,我们才能够通过常规监测系统发现COVID-19。”

作者们提到,2013年在中国云南采集的中华菊头蝠样本RaTG13和新冠病毒在核苷酸序列水平上相似性为96%。尽管存在这种序列相似性,但新冠病毒和RaTG13在许多关键的基因组特征上存在差异,其中最重要的一点是,新冠病毒包含了S蛋白S1和S2亚基交界处的一个多碱基(furin)酶切位点插入(PRRA残基)。